Doctorant (H/F) en génomique régulatrice comparative : origines évolutives des enhancers exoniques

Sujet de thèse :
La plupart des études génomiques de la régulation de l’expression des gènes reposent sur l’hypothèse que les éléments cis-régulateurs sont situés en dehors des régions qui codent pour des protéines. Cependant, il est à ce jour démontré que les exons codants peuvent avoir des rôles cis-régulateurs, pouvant notamment fonctionner comme éléments amplificateurs de l’expression des gènes (Lampe et al. 2008; Ritter et al. 2012; Birnbaum et al. 2012). Des travaux récents ont démontré que les génomes de l’humain et de la souris contiennent plusieurs milliers d’exons codants avec de forts signaux de fixation de facteurs de transcription et des signatures chromatiniennes caractéristiques des éléments amplificateurs (Mouren et al. 2026). Des rôles régulateurs ont été validés expérimentalement pour plusieurs centaines de ces éléments exoniques (Mouren et al. 2026). Ces observations appellent à une réévaluation de la définition des éléments régulateurs et de l’impact fonctionnel des mutations qui ont lieu dans les régions exoniques codantes du génome.
Le projet de recherche doctoral financé dans le cadre de l’ANR EXONHANCER se focalisera sur les origines et les trajectoires évolutives des éléments régulateurs exoniques, à travers les vertébrés. Son objectif principal est de clarifier l’impact des doubles contraintes fonctionnelles (séquence codant pour une protéine et séquence régulatrice) sur l’évolution des éléments régulateurs exoniques.
La personne recrutée intégrera des annotations génomiques et des alignements de génomes complets afin d’identifier les enhancers exoniques orthologues et de reconstituer leur histoire évolutive. Le projet étudiera la manière dont les contraintes liées au codage protéique et à la régulation interagissent sur de longues échelles de temps évolutif, ainsi que l’influence de forces évolutives plus récentes sur les enhancers exoniques. Le travail comprendra le développement de workflows bioinformatiques reproductibles, la réalisation d’analyses statistiques, ainsi que la visualisation et l’interprétation de données génomiques à grande échelle.
Nous recherchons une personne titulaire, ou en voie d’obtention avant le début du contrat, d’un diplôme de master ou équivalent en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, biologie évolutive ou dans une discipline apparentée. Les compétences essentielles comprennent une expérience dans l’analyse de données génomiques, la maîtrise de Python et/ou de R, une bonne connaissance de la ligne de commande sous Linux/Unix et de solides bases en statistiques. La personne recrutée devra être capable de travailler de manière autonome et collaborative, ainsi que de communiquer efficacement leurs résultats scientifiques en anglais.
Une expérience en génomique comparative, évolution moléculaire, phylogénétique, génomique des populations ou transcriptomique constituera un atout.
Une connaissance des formats de données g
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