Ingénieur en bio-informatique H/F

Une mission attractive
Dans le cadre du PEPR Agroécologie et Numérique, ce projet offre une opportunité de recherche en génomique de l’adaptation et d’étude de l’évolution associé aux climats.
Sous la responsabilité du directeur d’unité, votre mission sera de participer à comprendre l’adaptation des plantes et des mélanges de plantes aux variations du climats en utilisant des données génomiques et climatiques pour accompagner la transition agroécologique.

Dans ce cadre vos activités seront les suivantes :
Développer des outils bio-informatiques pour analyser l’adaptation des plantes aux variations du climat et des climats futurs. L’approche sera basée sur l’utilisation de méthodes innovantes pour pouvoir interroger des données issues d’analyse de pangénome/pan-graphe.
Construire des briques logicielles pour ces analyses et les intégrer dans un outil existant, Valider l’intégration et le développement de scripts en analysant des jeux de données sur différents modèles végétaux et proposer des tutoriels et la formation pour leur utilisation.
Développer des outils bio-informatiques pour prendre en compte l’incertitude des séquences ADN (contamination, faible profondeur, type de donnée, repeats) due à l’ADN ancien (dommages post-mortem et fragmentation importante) dans l’analyse bio-informatique de la diversité et de l’association au climat.
Votre future équipe
Vous intégrerez l’équipe Dynadiv au sein de l’UMR DIADE à Montpellier. Le projet est fortement collaboratif et implique des échanges réguliers avec des chercheurs de différentes unités de recherche (AGAP, GDEC) et instituts (INRAE, CIRAD, MNHN).

Profil recherché :
Vous avez développé les compétences suivantes :
Maîtrise des systèmes UNIX et expérience en manipulation de données sur HPC, connaissances en contenerisation (Docker, apptainner).
Maîtrise du langage de programmation Python et R, et si possible notion dans un des autres langages tels que C.
Connaissances en biologie et analyse de données de séquençage.
Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

Autonomie et rigueur.
Capacité de travail en équipe.
Capacité à gérer des interactions avec de multiples chercheurs.
Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7, ingénieur et/ou Master avec une expérience en bio-informatique

L'employeur :
L’Institut de recherche pour le développement (IRD) est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui est fondé sur un modèle original de partenariat scientifique équitable avec les pays du Sud et une science interdisciplinaire et citoyenne, engagée pour la réalisation des Objectifs de Développement Durable.
Une science engagée
L’IRD co-produit une science d’excellence et d’exigence, de standard international, qui nourrit décisions et politiques publiques. Pour cela, l’IRD dispose de plus de 2200 femmes et hommes répartis au sein de 4 délégations régionales, 35 représentations en Outre-mer et à l’international et 79 unités mixtes de recherche. L’Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et celui de l’Europe et des Affaires Étrangères.

Notre mission
La mission première de l’IRD est de produire de la science focalisée sur la zone intertropicale et méditerranéenne et fondée sur un partenariat scientifique équitable avec les communautés d’enseignement supérieur et de recherche (ESR) des pays et régions concernés.
L’objectif est le renforcement des capacités propres de l’enseignement supérieur de la recherche (ESR) des pays partenaires. Cela vise à contribuer, d’une part, aux avancées de la science universelle, d’autre part, à la satisfaction des besoins de leurs populations, en particulier les plus vulnérables.
Ensemble, scientifiques et partenaires de l’Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l’innovation des leviers majeurs du développement.
Descriptif du service
L’unité de recherche DIADE (DIversité, Adaptation et DEveloppement des plantes tropicales ; IRD-Univ. Montpellier-CIRAD) étudie la biodiversité végétale, les mécanismes d’adaptation des plantes et de leurs interactions avec l’environnement, explore les mécanismes de développement des plantes pour élaborer de nouveaux phénotypes qui sont nécessaires dans un contexte de changement climatique. Les équipes de l’unité développent pour cela une continuité d’approches, d’outils et de méthodes : analyse du génome, biochimie, physiologie, microscopie, modélisation, intégration des données.
L’unité s’intéresse particulièrement aux plantes des régions tropicales, celles-ci étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zone de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l’environnement et de demande accrue en production végétale. L’unité développe ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie.
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