Ingénieur-e développement bioinformatique

Votre mission s’inscrit dans le cadre du projet DOMINO (https://www.domino-euproject.eu), un projet de recherche européen portant sur le rôle de la diversité des microbiotes des aliments fermentés sur la santé. Ce projet de recherche et d’innovation, lancé dans le cadre d'Horizon Europe, a pour but de comprendre le rôle et de valoriser la diversité des microbiotes d’aliments fermentés pour des systèmes alimentaires sains et durables.
Au sein de la plateforme de bioinformatique Migale, équipe du laboratoire MaAIGE, vous serez en charge de mettre à disposition de la communauté les outils d’analyse développés dans DOMINO.

Plus particulièrement, vous participerez au développement de l’outil Food Microbiome Metabolic Modules (F3M), un outil de profilage fonctionnel de microbiomes alimentaires.
Une première version de F3M a déjà été développée et mise à disposition des utilisateurs sous la forme d’un workflow d’analyse et d’un package R ( https://fme.micalis.fr/article/2025/11/06/food-microbiome-metabolic-modules-f3m/ ).
Vous serez en charge de faire évoluer l’outil fonctionnellement, de construire des interfaces interfaces utilisateur permettant de l’utiliser facilement sans connaissance de la ligne de commande , de gérer les mises à jour de la base de référence de modules.
Vous travaillerez également en collaboration avec les partenaires du projet DOMINO qui voudront utiliser l’outil sur leurs propres données, et avec le laboratoire de Nicola Segatta à l’Université de Trento pour l’intégration des résultats de F3M dans la curated Food Metagenomic Database (https://github.com/SegataLab/cFMD). Cette base, crée dans DOMINO, rassemble et réanalyse de façon standardisée l’ensemble des métagénomes alimentaires publics.
Vos principales activités seront :
Participer à l’expression du besoin et au cahier des charges.
Modéliser, concevoir et développer l’outil.
Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.
Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés.
Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.
Réaliser le déploiement.
Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les développements en assurant le suivi des versions.
Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.
Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Profil recherché :
Formation recommandée : Master 2 en informatique, ou licence en informatique avec une expérience avérée en développement de systèmes d’information
Connaissances souhaitées :
Maitrise de Python, de Snakemake ou d’un gestionnaire de workflows
Méthodologie de gestion de projets informatiques
Connaissances méthodologie DevOps :gestion de code source, intégration et déploiement continu
Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

Expérience appréciée :
Expérience en bioinformatique
Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique
Aptitudes recherchées :
Capacité à travailler en équipe, y compris à distance
Sens de l’écoute, bon relationnel
Bonne gestion de son temps
Rigueur

L'employeur :
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.

Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
En savoir plus sur l'employeur