Ingénieur-e biologiste en analyse de données (Bioinformaticien.ne)

Mission principale:
Le/la bioinformaticien·ne recruté·e travaillera au sein du projet Delta-DECODE, financé par l’ANRS, qui vise à déchiffrer les interactions entre le virus de l’hépatite Delta (HDV) et le microenvironnement hépatique. Ce projet repose sur une large cohorte de biopsies hépatiques de patients, et utilise des approches de pointe : RNA-seq bulk, single-cell transcriptomics et transcriptomique spatiale à haute résolution.
La mission consistera à développer et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques pour le traitement et l’intégration de ces données, à identifier des signatures moléculaires liées à la progression de la maladie et au pronostic, et à contribuer à leur valorisation scientifique au sein d’un consortium multidisciplinaire associant cliniciens, biologistes, biostatisticiens et partenaires nationaux et internationaux.

Activités principales:
Traitement et analyse de données RNA-seq (bulk, single-cell et spatiale).
Développement/adaptation de workflows bioinformatiques (QC, alignement, clustering, analyse différentielle, pathway analysis).
Intégration des données omiques avec les données cliniques.
Gestion et organisation des données.
Collaboration avec les équipes de Strasbourg, Henri Mondor et partenaires internationaux.
Contribution aux publications scientifiques.

Profil recherché :
Spécificités et environnement de poste:
Participation à un projet ANRS multicentrique d’envergure nationale et internationale, en collaboration avec Strasbourg, Henri Mondor et des partenaires académiques/industriels.
Intégration dans un environnement translationnel unique, à l’interface de la recherche fondamentale, de la clinique et de la bioinformatique.
Accès à des plateformes technologiques de pointe (RNA-seq, single-cell, transcriptomique spatiale, imagerie), avec possibilité de formation aux nouvelles approches.

Connaissances:
Bioinformatique appliquée à la génomique et transcriptomique.
Statistiques appliquées à la biologie.
Connaissance des environnements HPC et de la gestion de données sensibles.
Savoir-faire:
Maîtrise de R et/ou Python, packages usuels (DESeq2, edgeR, ggplot2, Seurat/Scanpy apprécié).
Développement de scripts et automatisation de pipelines.
Bonne capacité de visualisation et présentation des données.
Anglais scientifique.
Aptitudes:
Capacité d’apprentissage et d’adaptation.
Esprit collaboratif, goût pour l’interdisciplinarité.
Rigueur et autonomie.
Expériences souhaités:
Expérience en analyse RNA-seq indispensable.
Expérience en single-cell ou spatial omics : un atout, mais formation possible au sein du projet.
Niveau de diplôme et formations:
Master 2 ou Doctorat en bioinformatique, biostatistiques, mathématiques appliquées, sciences des données ou disciplines proches.
Date de prise de fonction: 01/05/2026
Durée: 12 mois renouvelable
Temps plein: 38h30: 32 congés et 13 ARTT
Télétravail: oui à discuter avec superviseur
Rémunération: A partir de 2927.84€ jusqu’à 4295.15€ brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.

L'employeur :
La science pour la santé
L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biomédicale. Nous portons un engagement : améliorer la santé de toutes et tous en faisant progresser les connaissances sur le vivant et sur les maladies.
Depuis la création de l’Institut, ses personnels ont participé au dépôt de plus de 2 700 familles de brevets, ainsi qu’à des avancées en santé décisives : la première fécondation in vitro, l’identification du VIH, la première greffe de peau, la thérapie génique, le Nutriscore…

Pour mener sa mission de service public, l’Inserm réunit des scientifiques de toutes disciplines, ainsi que des professionnels de santé, mais aussi des juristes, des informaticiens, des gestionnaires financiers…
À nos côtés, vous participerez à l’innovation pour la santé de tous, dans tous les domaines de la recherche biomédicale : neurosciences, maladies infectieuses, cancer, maladies métaboliques et cardiovasculaires, santé publique, santé mentale, technologies pour la santé, génétique, immunologie, inflammation et hématologie.
Descriptif du service
L’Institut de recherche en médecine translationnelle et maladies hépatiques (Institute for Translational Medicine and Liver Disease, ITM), basé à Strasbourg, est une unité mixte placée sous la co‑tutelle de l’Université de Strasbourg et de l’Inserm.
Dédié aux maladies hépatiques et au cancer du foie, l’ITM est un laboratoire de référence dans la compréhension des mécanismes biologiques de ces pathologies et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, allant de la recherche fondamentale à l’application clinique.
L’institut se distingue par ses plateformes technologiques avancées, son riche réseau de collaborateurs, tant cliniques qu’internationaux, et son fort potentiel d’innovation (publications scientifiques, brevets, etc.).
Inserm UMR_S1110
Institut de Médecine Translationnelle et maladies hépatiques
Directeur: Pr. Thomas Baumert
Adresse: 3 rue de Koeberlé, Strasbourg
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