Ingénieur-e bioinformatique en génomique comparative, multi-omics, et développement de méthodes pour ca

Missions :
Le projet FUNEVO (FUNctional EVOlution of mammalian innate immunity) vise à élucider l’évolution fonctionnelle de l’immunité innée des mammifères. Financé par une bourse européenne ERC Consolidator de 5 ans, FUNEVO cherche à identifier les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l’immunité. Le projet comporte notamment un focus sur l’immunité antivirale des chauves-souris — un ordre pour lequel l’équipe dispose de données multi-omiques et de nouveaux modèles cellulaires et virologiques. Les chauves-souris constituent en effet un modèle clé : Elles sont porteuses de nombreux virus, souvent sans développer de symptômes, et certains sont à l’origine de zoonoses. Les chauves-souris présentent aussi des adaptations génomiques remarquables aux interfaces virus-hôtes.
Afin de comprendre le rôle des duplications/pertes de gènes et des réarrangements de domaines protéiques (recombinaisons) dans la diversification du système immunitaire, notamment face aux virus pathogènes, le projet FUNEVO consiste à :
• Intégrer la génomique et la biologie de l’évolution pour caractériser les innovations de l’immunité innée ;
• Identifier les réarrangements de domaines et leurs conséquences fonctionnelles ;
• Tester expérimentalement les activités cellulaires et antivirales associées.
Missions : Concevoir et développer des pipelines bioinformatiques ; Analyser les résultats ; Caractériser l’évolution génomique, transcriptomique et protéique de l’immunité innée chez les mammifères.
Activités :
L’ingénieur-e de recherche occupera une place centrale dans le projet FUNEVO, en lien direct avec les axes scientifiques et expérimentaux de l’équipe. Il/elle travaillera en étroite collaboration avec les autres membres du projet, tant bioinformaticien-nes qu’expérimentalistes (virologistes, biologistes cellulaires). L’encadrement sera assuré par Lucie ETIENNE, directrice de recherche et co-responsable de l’équipe LP2L/HIVE, ainsi que Carine REY, experte en bioinformatique et génomique comparative, et responsable de la plateforme bioinformatique et biostatistique BIBS du CIRI.
Activités principales :
• Développer des méthodes et pipelines bioinformatiques robustes et reproductibles pour identifier et caractériser les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l’immunité innée des mammifères ;
• Collaborer avec les membres de l’équipe (bioinformaticien-nes, virologistes, biologistes cellulaires) sur l’analyse comparative et phylogénétique des gènes d’immunité, en se focalisant sur les duplications/pertes de gènes et les réorganisations de domaines protéiques (notamment grace aux méthodes de prédiction de structures protéiques par IA) ;
• Apporter un soutien méthodologique aux analyses bioinformatiques de l’équipe ;
• Assurer une veille méthodologique active et évaluer les outils et méthodes publiés
• Contribuer à la rédaction d’
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Profil recherché :
Competences :
Le/la candidat-e devra justifier d’une expérience réussie dans l’analyse de données multi-omiques, l’approche de génomique comparative et le développement ou l’utilisation de pipelines bioinformatiques.
Une expérience ou formation en prédiction de structures protéiques, ou analyse de données d’imagerie serait un plus. Une expérience ou formation en immunologie dans l’arbre du vivant est un plus. Une excellente communication en anglais est attendue (écrite et orale).
Contraintes et risques :

L'employeur :
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Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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