Ingénieur d’études en informatique

Vous intégrerez l’unité Toxalim, et plus spécifiquement le plateau MetExplore1, composante de la plateforme régionale Metatoul2 et nationale MetaboHUB3. Ce plateau se consacre au développement de nouvelles solutions bioinformatiques permettant d’analyser et de modéliser le métabolisme à l’échelle d’un organisme sous la forme d’un réseau métabolique (ensemble des réactions biochimiques d’un organisme). Aujourd’hui, de nombreux projets de recherche visent à caractériser les interactions métaboliques (coopération, compétition) au sein d’écosystèmes microbiens (microbiote humain, microbiote végétal, etc.) ou entre différents types cellulaires d’organismes complexes. Cependant, les outils existants ne permettent pas d’interroger et modéliser simultanément plusieurs milliers de réseaux métaboliques, chacun pouvant contenir plusieurs milliers de réactions et de métabolites. Pour répondre à cette limite, MetaboHub a déployé une architecture « Big Data » (datalake), indispensable pour ce passage à l’échelle.

Votre mission
Vous serez chargé·e de concevoir et de déployer les outils d’analyse et de modélisation nécessaires à l’interrogation d’une base de connaissances regroupant plusieurs milliers de réseaux métaboliques.
Responsabilités principales
Développer des outils générant des graphes de connaissances spécifiques à partir d’une collection de réseaux métaboliques.
Concevoir des solutions permettant d’interroger efficacement ces bases de connaissances.
Mettre en place une API afin de rendre ces outils accessibles depuis l’extérieur.
Collaborer étroitement avec les biologistes et bio-informaticien-nes de l’unité et de l’infrastructure pour adapter les outils aux questions scientifiques ciblées.

Profil recherché :
Formation recommandée : Diplôme de master 2 en informatique spécialisé en systèmes d’information, data science et/ou calcul intensif ou bioinformatique
Connaissances souhaitées :
Web sémantique (RDF, SPARQL)
Apache Spark (idéalement GraphFrames)
Langages de programmation : Scala de préférence, Java sinon
Optionnel : théorie des graphes
Optionnel : connaissances en biochimie et métabolisme
Bon niveau d’anglais

Expérience appréciée : Projet académique ou stage utilisant les technologies du web sémantique
Aptitudes recherchées : Rigueur, autonomie, curiosité, goût pour le travail en équipe et les interactions multidisciplinaires, capacité à proposer des solutions innovantes et à interagir avec différents interlocuteurs, sens de la reproductibilité (documentation, versionnage, partage de données).

L'employeur :
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.

Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
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