Chercheuse-Chercheur en bio-informatiques - IAB

Equipe :
Dr Anna Reymer
La personne recrutée aura pour mission de décrypter les mécanismes de régulation responsables de l’expression transcriptionnelle différentielle des isoformes de p53 (TP53) selon les tissus et les contextes physiopathologiques. Le projet vise à identifier et hiérarchiser les déterminants génétiques et épigénétiques (variants germinaux, régions régulatrices, promoteurs/épissage) associés aux profils d’expression des isoformes, en exploitant des données omiques à grande échelle (RNA-seq, génotypage/WGS, expression allèle-spécifique), notamment issues de cohortes publiques via des approches de bioinformatique et d’apprentissage automatique.

Activités :
· Collecter, curer et analyser des jeux de données transcriptomiques et génomiques (RNA-seq, génotypes/WGS, ASE) et quantifier l’expression des isoformes de p53 (ratios, déséquilibres haplotypiques).
· Corréler les profils d’expression es variations génétiques (SNP, CNV, haplotypes) et annoter les variants par rapport aux éléments régulateurs (promoteurs, sites d’épissage, régions fonctionnelles).
· Développer et évaluer des modèle (apprentissage supervisé, méthodes d’interprétabilité, modèles de séquence/réseaux) pour prédire et expliquer les déterminants des profils d’isoformes.
· Valoriser les résultats : présentations en réunions/séminaires, contribution aux publications.
· Le poste est basé à l’Institut pour l’Avancée des Biosciences (IAB, Inserm U1209 / CNRS UMR 5309, Université Grenoble Alpes) à Grenoble/La Tronche, au sein d’équipe "ReTraD" combinant biologie moléculaire, génomique, bioinformatique et modélisation. L’environnement est pluridisciplinaire et fortement collaboratif, avec des échanges réguliers entre biologistes et bioinformaticiens, et un accès aux plateformes technologiques de l’IAB. Une part des activités (analyse/programmation) est télétravaillable, selon les règles en vigueur et après accord de l’encadrement.
· Biologie moléculaire et cellulaire ; régulation transcriptionnelle
· Biologie des ARN : isoformes, épissage, expression allèle-spécifique (ASE)
· Notions solides sur TP53/p53 et ses isoformes (un plus)
· Omiques : transcriptomique (RNA-seq), génomique (génotypage/WGS), bases d’intégration multi-omique
· Concepts de statistique appliquée aux données omiques (tests, correction multi-tests, modèles)
· Fondamentaux du machine learning appliqué aux données biologiques (features, validation, interprétabilité)

Profil recherché :
Connaissances
· Biologie moléculaire et cellulaire ; régulation transcriptionnelle
· Biologie des ARN : isoformes, épissage, expression allèle-spécifique (ASE)
· Notions solides sur TP53/p53 et ses isoformes (un plus)
· Omiques : transcriptomique (RNA-seq), génomique (génotypage/WGS), bases d’intégration multi-omique
· Concepts de statistique appliquée aux données omiques (tests, correction multi-tests, modèles)

· Fondamentaux du machine learning appliqué aux données biologiques (features, validation, interprétabilité)
Savoir-faire
· Analyser des données RNA-seq : contrôle qualité, quantification (gènes/isoformes), analyses différentielles
· Intégrer des sources de données hétérogènes (RNA-seq + génotypes/WGS + annotations)
· Développer des modèles ML/IA pour classification/régression et sélection de variables ; évaluation robuste (CV, métriques)
· Programmation scientifique (Python et/ou R) ; manipulation de jeux de données volumineux
· Utiliser des environnements de calcul : Linux, HPC/serveurs, gestion de versions (Git)
Aptitudes
· Autonomie, sens de l’organisation et gestion des priorités
· Rigueur scientifique, esprit critique, attention à la reproductibilité
· Capacité à résoudre des problèmes complexes
· Curiosité et goût pour l’interdisciplinarité (bioinformatique + biologie)
· Bon relationnel et esprit d’équipe ; capacité à interagir avec profils variés
· Communication scientifique
Expérience(s) souhaité(s)
· Doctorat (PhD) en biologie / bioinformatique / sciences des données (ou domaine proche)
· Expérience avérée en analyse de données omiques
· Expérience dans le développement d’outils/pipelines d’analyse de données
· Première expérience ou forte appétence pour ML/IA appliqués aux données biomédicales
· Expérience en projets collaboratifs et valorisation scientifique
Niveau de diplôme et formation(s)
· Doctorat (PhD) en biologie / bioinformatique / sciences des données (ou domaine proche)
Qui sommes-nous ?
La science pour la santé
L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biomédicale. Nous portons un engagement : améliorer la santé de toutes et tous en faisant progresser les connaissances sur le vivant et sur les maladies.
Depuis la création de l’Institut, ses personnels ont participé au dépôt de plus de 2 700 familles de brevets, ainsi qu’à des avancées en santé décisives : la première fécondation in vitro, l’identification du VIH, la première greffe de peau, la thérapie génique, le Nutriscore…

Pour mener sa mission de service public, l’Inserm réunit des scientifiques de toutes disciplines, ainsi que des professionnels de santé, mais aussi des juristes, des informaticiens, des gestionnaires financiers…
À nos côtés, vous participerez à l’innovation pour la santé de tous, dans tous les domaines de la recherche biomédicale : neurosciences, maladies infectieuses, cancer, maladies métaboliques et cardiovasculaires, santé publique, santé mentale, technologies pour la santé, génétique, immunologie, inflammation et hématologie.
Descriptif du service
L’Institut pour l’Avancée des Biosciences (IAB) est un institut de renommée internationale en recherche biomédicale fondamentale et translationnelle, basé à Grenoble/La Tronche. Il est une unité multi-tutelles Université Grenoble Alpes, Inserm (U1209) et CNRS (UMR 5309). Les recherches visent à comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires d’adaptation des systèmes biologiques à leur environnement, avec un focus sur l’épigénétique, l’environnement, la plasticité cellulaire et le cancer. L’IAB rassemble environ 19 équipes/ groupes de recherche, soutenus par plusieurs plateformes technologiques, au sein d’un environnement fortement collaboratif.
En savoir plus sur l'employeur
À propos de l'offre
Statut du poste
Vacant à partir du 01/04/2026
Métier de référence
Chercheuse / Chercheur
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L'employeur :
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L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biomédicale. Nous portons un engagement : améliorer la santé de toutes et tous en faisant progresser les connaissances sur le vivant et sur les maladies.
Depuis la création de l’Institut, ses personnels ont participé au dépôt de plus de 2 700 familles de brevets, ainsi qu’à des avancées en santé décisives : la première fécondation in vitro, l’identification du VIH, la première greffe de peau, la thérapie génique, le Nutriscore…

Pour mener sa mission de service public, l’Inserm réunit des scientifiques de toutes disciplines, ainsi que des professionnels de santé, mais aussi des juristes, des informaticiens, des gestionnaires financiers…
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